John Kerry menikahi Julia Thorne pada 1970 dan dikaruniahi 2 anak perempuan Alexandra dan Vanessa, namun kerana kemurungan, mereka bercerai pada 25 Julai 1988. Setalah hampir 7 tahun, ia menikah lagi dengan Teresa Simões-Ferreira Heinz seorang janda dari Senator Pennsylvania, H. John Heinz III pada 26 Mei 1995. Dari perkahwinan sebelumnya Teresa mempunyai 3 anak laki H. John Heinz IV, André Heinz dan Christopher Heinz.